




當(dāng)一款新藥從實(shí)驗(yàn)室走向臨床,平均耗時(shí)12年、耗資26億美元——而成功率不足10%。這組冰冷的數(shù)字,正是制藥行業(yè)必須直面的"創(chuàng)新者窘境"。高內(nèi)涵篩選(HCS)技術(shù)與AI的深度融合,正在將這一困局撕開一道裂口:篩選效率提升10倍,同時(shí)揭開傳統(tǒng)方法根本看不見的全新作用機(jī)制。
從"一個(gè)讀數(shù)"到"千維畫像":效率革命的底層邏輯
傳統(tǒng)酶標(biāo)儀篩選的本質(zhì)是"盲人摸象"——一個(gè)孔給出一個(gè)整體讀數(shù),化合物是否有效?有效。但為什么有效?不知道。高內(nèi)涵技術(shù)徹底顛覆了這一邏輯。
以Cell Painting方案為例,僅用6種熒光染料標(biāo)記8種細(xì)胞成分,單次實(shí)驗(yàn)即可提取超過280個(gè)測(cè)量參數(shù)。從細(xì)胞核形態(tài)到線粒體膜電位,從蛋白轉(zhuǎn)位到細(xì)胞骨架完整性——過去需要十幾輪獨(dú)立實(shí)驗(yàn)才能拼湊出的信息,如今一張圖像全部拿下。更關(guān)鍵的是,信息獲取單位從"微孔"升級(jí)為"單細(xì)胞",研究者得以從細(xì)胞群體的異質(zhì)性反應(yīng)中挖掘統(tǒng)計(jì)學(xué)意義上的真實(shí)信號(hào),而非被平均值掩蓋的異常值。
中科院上海藥物所與華為云的合作,將這一能力推至極致。其大規(guī)模藥物虛擬篩選云服務(wù)內(nèi)置原創(chuàng)iFitDock算法,可同時(shí)實(shí)現(xiàn)剛性和柔性對(duì)接,真實(shí)反映蛋白質(zhì)的生理狀態(tài);億級(jí)規(guī)模的DrugSpaceX藥物篩選庫支持反應(yīng)路徑追溯。借助華為云端萬核算力,整體篩選效率實(shí)現(xiàn)了十倍提升——這不是漸進(jìn)式改良,而是數(shù)量級(jí)的跨越。
不止于"篩得快":全新機(jī)制從表型中自然涌現(xiàn)
效率提升只是表象,高內(nèi)涵技術(shù)真正的殺傷力在于"看見機(jī)制"。
AP-4相關(guān)遺傳性痙攣性截癱(AP-4-HSP)是一種罕見神經(jīng)退行性疾病,長期缺乏有效療法。研究團(tuán)隊(duì)利用基于患者成纖維細(xì)胞的高內(nèi)涵篩選平臺(tái),以ATG9A在高爾基體與細(xì)胞質(zhì)的分布比為核心指標(biāo),從28,864個(gè)小分子庫中篩出503個(gè)有效化合物,最終鎖定BCH-HSP-C01。這一分子不僅恢復(fù)了ATG9A的正常運(yùn)輸,還通過下調(diào)RAB3C和RAB12、上調(diào)RAB1B,重塑了整個(gè)囊泡運(yùn)輸通路——機(jī)制完全由表型數(shù)據(jù)反向推導(dǎo)得出,而非預(yù)設(shè)靶點(diǎn)。
更具突破性的是基于患者源類器官(PDOs)的功能性篩選??茖W(xué)家從500多種雙特異性抗體中鑒定出MCLA-158,該抗體同時(shí)靶向EGFR與LGR5,能特異性降解EGFR并抑制腫瘤干細(xì)胞,卻對(duì)正常結(jié)腸干細(xì)胞幾乎無毒性。高內(nèi)涵成像系統(tǒng)清晰捕捉到EGFR被內(nèi)化后呈點(diǎn)狀分布于胞漿的全過程——這一機(jī)制細(xì)節(jié),是任何生化 assay 都無法提供的"視覺證據(jù)"。
在三陰性乳腺癌研究中,Cell Painting技術(shù)首次被應(yīng)用于3D腫瘤球模型。從168種FDA已批準(zhǔn)抗癌藥物的五濃度篩選中,研究人員提取了210個(gè)形態(tài)特征,通過主成分分析與聚類計(jì)算出每種藥物的表型距離分?jǐn)?shù),精準(zhǔn)區(qū)分了耐藥與敏感表型——為老藥新用提供了全新的評(píng)價(jià)維度。
AI加持:從"看見"到"看懂"的最后一公里
海量圖像若無智能分析,不過是數(shù)據(jù)墳?zāi)埂I疃葘W(xué)習(xí)的介入讓這最后一公里被徹底打通。Molecular Devices最新推出的ImageXpress HCS.ai系統(tǒng),搭載IN Carta分析軟件,可直接從原始圖像中提取特征,無需多步驟顯式分割,在分割準(zhǔn)確率與分類速度上均超越傳統(tǒng)方法。
當(dāng)高內(nèi)涵成像提供"千維畫像",AI負(fù)責(zé)"看懂畫像",藥物篩選便從經(jīng)驗(yàn)驅(qū)動(dòng)躍入數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的新紀(jì)元。十倍效率不是終點(diǎn)——它只是讓更多被忽視的機(jī)制,終于有機(jī)會(huì)被看見。